Dinas Kesehatan Kota Malang terus berupaya untuk membuat inovasi pelayanan, baik pelayanan kesehatan maupun pelayanan administrasi. Beberapa inovasi di tingkat puskesmas di lingkungan Dinas Kesehatan Kota Malang telah mendapatkan pengakuan dan penghargaan di tingkat nasional. Berikut beberapa inovasi yang telah diakui dan mendapatkan penghargaan di tingkat nasional.
- Inovasi Puskesmas Janti – Layanan Pengaduan Terpadu
- Inovasi Puskesmas Polowijen – Rumah Diapers
- Inovasi Puskesmas Polowijen – Mata Polowijen
- Inovasi Pelayanan Kesehatan Jiwa – O SAPI
- Inovasi RSUD Kota Malang – SI PENITI